继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。
演员：谭俊彦 陈山聪 曹永廉 谭凯琪 龚嘉欣 赵希洛 李国麟 邓卓殷 何启南 阮儿 尹诗沛 杜大伟 邵展鹏 梁皓楷 蔡国威 邓伊婷 林子超 冯素波 吴嘉仪 邓永健 方哲翷 曾海昌 邓美欣 陈熙蕊 董敬文 黄炜溏 刘桂芳 何沛珈 黄子桐 陈狄克 易宇航 何慈茵 陈颍熙 魏惠文 江富强 姚宏远 吴子冲 麦大力 源菲然 李漫芬 麦皓儿 黄浩霆 区轩玮 梁珈咏 罗毓仪 莫家淦 陈苑澄 萧丽芠 陈勉良 黄梓玮 曾慧云 倪嘉雯 马俊杰 萧徽勇 陈荣峻 苏恩磁 李芷晴 李绍坚 刘天龙 王致迪 朱斐斐 丁乐锶 李启杰 苏丽明
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