这是一段攻壳机动队成立前夕鲜为人知而又影响深远的故事。2027年6月6日的一天，隶属陆军机密部队501机关的真室中佐（宫内敦士 配音）在闹市街头被人杀害，此前他曾陷入军火买卖的贿赂丑闻不得脱身，他对死亡背后自然隐藏着无数谜团。阴雨之夜，试图取回真室电子脑的公安9课课长荒卷大辅（塾一久 配音）与生化人草薙素子（坂本真绫 配音）在真室中佐的墓地首次相遇。此时草薙还只是501机关负责网络犯罪追查的军人，此行她希望找到倍为尊重的中佐蒙冤以及遇害背后的真相。谁知，棺木中的中佐早已不见了踪影。在此之后，她受到荒卷委托展开调查，并在一连串凶险追查的过程中与前特种部队成员巴特（松田健一郎 配音）和时为新滨县刑警的陀古萨（新垣樽助 配音）邂逅。扑朔迷离的案情，草薙一行被引向未知的彼方…… 本片根据士郎正宗的原作改编。
演员：基努·里维斯 奥卡菲娜 克兰西·布朗 汤姆·肯尼 比尔·法格巴克 罗里·艾伦 劳伦斯先生 玛丽·乔·卡特利特 罗德格尔·邦帕斯 吉尔·塔利 卡罗琳·劳伦斯 维罗妮卡·阿利奇诺
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演员：浅沼晋太郎 花泽香菜 生天目仁美 田村由香里 井上麻里奈 能登麻美子 野中蓝 平川大辅 高木礼子 志村由美 黑河奈美 白石凉子 滨田贤二 水树奈奈 小清水亚美 喜多村英梨 泽城美雪 藤田咲 中原麻衣
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