继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。
演员：安东尼·波罗夫斯基 皮特·维特科夫斯基 Keiona Kova Réa Pawel Koslik Mariusz Zabkowski Véronique Bisciglia Bartlomiej Bobrowski Lukasz Rembas 亨利·尼布德克 Himera Drag Queen Lucy d #039;Arc Soa de Muse Lola Eyeonyou Potocki 安德烈·瑟韦林 玛丽亚·佩斯泽克
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演员：劳拉·弗雷泽 马丁·康普斯顿 菲利普·加斯科因 迈克尔·纳尔多内 安德鲁·罗斯尼 莱拉·罗阿斯 詹妮弗·斯宾塞 莫莉·温德索尔 杰克·塔尔登 Douglas Rankine Rohit Kumar Nikki Marshall Alicia McGuire Krysten Peck
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